Οι επιδημίες της  ευλογιάς που συχνά έκαναν την εμφάνιση τους παλαιότερα, είχαν μεγάλο ποσοστό θανάτων 10-30%. Συγκεκριμένα ο  πολυγραφότατος και διάσημος ιατρός της Λωζάνης του δευτέρου μισού του 18ου αιώνα  Samuel Andre Tissot (1728-1797) στο βιβλίο του, το οποίο μεταφράστηκε και στα ελληνικά το 1780 με τίτλο «Νουθεσίαι εις τον λαόν» αναφέρει ότι «το ένα έβδομον από τους μολυσμένους αποθνήσκει» δηλ. το 14%.  Ο Ελληνας ιατρός στην Ιταλία ΄Αγγελος Μελισσηνός στον Ερμή το Λόγιο του 1812 σημειώνει ότι ένα στα δέκα παιδιά αποθνήσκει, δηλ. το 10%.  Ο Αναστάσιος Γεωργιάδης, ο μετέπειτα καθηγητής στην νεοϊδρυθείσα Ιατρική Σχολή του Πανεπιστημίου Αθηνών, στο βιβλίο του «Αντιπανάκεια» του 1810 αναγράφει ποσοστό 10-30% παραπέμποντας σε σύγχρονες βιβλιογραφικές αναφορές της Βιέννης των ετών 1801 και 1802.

Τα θεραπευτικά μέσα ήταν ανίσχυρα και για την προστασία από την φθοροποιό αυτή νόσο, την ευλογιά. Ομως στα 1701 ο ιατρός Ιάκωβος Πυλαρινός από το Ληξούρι της Κεφαλλονιάς άρχισε να εφαρμόζει επιστημονικά τον προληπτικό εμβολιασμό τον ονομασθέντα «ευλογιασμό». Ο ίδιος περιγράφει τον εμβολιασμό αυτό στο δημοσιευθέν πόνημά του αργότερα το 1714 στο Αγγλικό περιοδικό του Λονδίνου "Philosophical Transactions". Στον ίδιο τόμο δημοσιεύεται και του Εμμανουήλ Τιμόνη η σχετική επίσης μελέτη, η οποία ανακοινώθηκε στην Βασιλική Ιατρική Εταιρεία του Λονδίνου.

Η εργασία το Πυλαρινού την επόμενη χρονιά το 1715 δημοσιεύθηκε στη Βενετία στα λατινικά σε ιδιαίτερο βιβλιαράκι. Μεταφράστηκε στα ελληνικά και δημοσιεύθηκε στα Πρακτικά της Ακαδημίας Αθηνών το 1952 από τους Κων. Ν. Αλιβιζάτο και Γεώργιο Πουρνμαρόπουλο με τίτλο: «Νέα και ασφαλής μέθοδος της ευλογιάς δια μετεμφυτεύσεως, νεωστί εφευρεθείσα και εις χρήσιν αχθείσα ήτις ορθώς του λοιπού τα σώματα φυλάσσει απρόσβλητα από τοιαύτης μολύνσεως».

Ο Πυλαρινός στη μελέτη του ομολογεί ότι αρχικά είχε αμφιβολίες για την αποτελεσματικότητα της μέθοδου του εμβολιασμού επειδή εφαρμοζόταν από τις πρακτικές γυναίκες της λαϊκής ιατρικής. Όμως στο εισαγωγικό κείμενο της μελέτης του προς τον αναγνώστη ομολογεί ότι «νικηθείς υπό της λογικής και της εμπειρίας αποβαλών πάσαν επιφύλαξιν προσεχώρησα εις θαυμασμόν». Και τούτο διότι διαπίστωσε, όπως παρατηρεί, πως ο εμβολιασμός «δεν αντιμάχεται ο ορθός λόγος, συμφωνεί. Δεν αντιστρατεύεται η ανατομική απόδειξις, βεβαιοί η έκβασις». Συνεχίζει και επί πλέον σημειώνει «γνωστοποιούμεν ιατρικήν μέθοδον αξίαν να θαυμασθή υπό του κόσμου της επιστήμης ούχ ήττον δια την επινόησιν όσον και δια την αποτελεσματικότητα». Η μέθοδος αυτή εφαρμοζόταν στην Ελλάδα και κυρίως στη Θεσσαλία, από όπου εξαπλώθηκε στην Κωνσταντινούπολη, ιδιαίτερα όταν το 1701 ενέσκηψε μεγάλη επιδημία ευλογιάς. Τότε από μια ευγενή οικογένεια του ζητήθηκε η γνώμη του για τη μέθοδο αυτή την οποία εφήρμοζαν πρακτικές γυναίκες και εάν είχαν την συγκατάθεσή του, να την εφαρμόσουν στα  τεσσερα παιδιά τους «διότι τότε είχεν ενσκήψει η νόσος αύτη θανατηφόρος εις ολόκληρον την Πόλιν».

Ο Ιάκωβος Πυλαρινός ως ιατρός που οδηγείται από τον ορθόν λόγο και την λογική, για να έχει ιδία γνώση ζήτησε και του γνωστοποιήθηκε η μέθοδος από μία Ελληνίδα γυναίκα, η οποία, όπως γράφει ο Πυλαρινός, «εξέθεσεν αρκούντως ποσώς και ευρέως ολόκληρον την σειράν της εργασίας, τον τρόπον, τον τόπον, και τον χρόνον  και τας λεπτιομερείας» του εμβολιασμού. Παράλληλα μεθοδικά συγκέντρωσε τα περιστατικά παιδιών, τα οποία εμβολιάσθηκαν και ήταν άνοσα στην επιδημία  της ευλογιάς και όπως γράφει «σταθμίσας καλώς το πράγμα κατενόησα ότι δεν ήτον ασύμφωνον προς την λογικήν και την φύσιν», και συνέστησε να εμβολιασθούν τα τέσσερα παιδιά της οικογενείας, που είχαν καλή έκβαση και προστασία. Αποτέλεσμα ήταν να αρχίσει ο εμβολιασμός των παιδιών και των άλλων ευγενών οικογενειών. Ο Πυλαρινός στη μελέτη του ακόμη παρατηρεί ότι ο εμβολιασμός «είναι επέμβασις παντελώς φυσική, άνευ ίχνους προλήψεως.η μετεμφύτευσις της ευλογίας είναι πραγματική, καθαρά, φυσική, επειδή δια καθαρώς φυσικών μέσων και ορατών» πραγματοποιείται. Μεταφέρεται από φλύκταινα νοσούντος και τοποθετείται στο δέρμα μετά τους νυγμούς που έχουν επισυμβεί. Μάλιστα κάνει και μια σύγκριση με την τότε αντίληψη της θεραπευτικής μεθόδου του 18ου αιώνος «του μετεμφυτευτικού μαγνητισμού, δι΄ ού λέγεται ότι ασθένειαι διακομίζονται εξ ενός υποκειμένου εις άλλο».

Σχετικά με την περιοχή του σώματος όπου θα πρέπει να γίνεται ο εμβολιασμός, ο Πυλαρινός συνιστά να μην διενεργείται στα μέρη, στα οποία οι πρακτικές  γυναίκες τον εφήρμοζαν, μέτωπο, πώγωνα, παρειές, μετακάρπια, μετατάρσια, αλλά προτείνει να εφαρμόζεται στα «σαρκωδέστερα μέρη» του σώματος και τούτο διότι, σημειώνει, «ολιγώτερον υπόκεινται εις τας φλογώσεις και το άλγος και δεν συνάπτονται μετά των τενόντων». Μια πολύ ορθή παρατήρηση του Πυλαρινού. Αναφέρει τον τρόπο του εμβολιασμού καθώς και τις εκδηλώσεις της ευλογιάς, που είναι ελαφρότερες. Ακόμη σημειώνει ότι ουδέποτε παρετηρήθη εκ της μετεμφυτεύσεως ταύτης μέχρι σήμερον (δηλαδή του 1715) να συμβή θάνατος τις, αν και χρησιμοποιήθηκε πολλές φορές σε κάθε φύλο, ιδιοσυγκρασία και ηλικία». Τονίζει ότι η μέθοδος του εμβολιασμού του υπόσχεται «ασφαλεστέραν σωτηρίαν, διότι η κατά τον τρόπον τούτον εμφανισθείσα ευλογία είναι καλοηθεστέρας φύσεως από ό,τι ήθελεν είναι εκείνη, ήτις επιδημικώς επέρχεται», δηλ. της φυσικής ευλογιάς.

Προσθέτουμε ότι η εργασία αυτή του Πυλαρινού επανεκδόθηκε το 1718 στη Νυρεβέργη και το 1721 στην Ολλανδία. Παράλληλα άρχισαν να δημοσιευόνται αρκετές εργασίες σχετικά με τον προστατευτικό εμβολιασμό του «ευλογιασμού» έναντι της φοβερής παιδοφθόρου  ευλογιάς.

Στη διάδοση  της νέας μεθόδου προφυλάξεως από την ευλογιά με τον ευλογιασμό στην Αγγλία σημαντικά συνέβαλε με τις επιστολές της το 1717 η σύζυγος του ΄Αγγλου πρέσβη στην Κωνσταντινούπολη Lady Mary Worthley Montagu (1689-1762), η οποία είχε εμπειρία από την ενημέρωση, που της έκανε ο Τιμόνης, και εμβολιάστηκε ο γιος της.

Επίσης αναφορές για τον εμβολιασμό έχει ο περιηγητής Aubry De La Montraye στο ταξειδιωτικό του βιβλίο, Voyage en Europe, Asie et Afrique, αναφέρει ότι το 1712 ευρισκόμενος στην Κωνσταντινούπολη επισκέφθηκε τον γιατρό Τιμόνη που ήταν φημισμένος για τον εμβολιασμό κατά της ευλογιάς. Στο παράρτημα δημοσιεύει μάλιστα στα λατινικά τη μελέτη του Τιμόνη.

 Η μέθοδος του εμβολιασμού των Τιμόνη και Πυλαρινού διαδίδεται και  στην Αμερική και το 1721 που είχε ξεσπάσει μια μεγάλη επιδημία ευλογιάς στη Βοστόνη ο ιατρός Zabdiel Boylston, (1680-1766), λαμβάνει γνώση από φίλο του των δημοσιευμένων άρθρων σο αγγλικό περιοδικό «Philsophical Transactions» και εφαρμόζει τον εμβολιασμό σύμφωνα με τις οδηγίες των Τιμόνη και Πυλαρινό και παράλληλα δημοσιεύει την εργασία του  με τίτλο: «Some account of what is said of Inoculation or transplanting the Small Pox. By the learned Dr. E. Timoni and J. Pylarinus with some remarks thereon. To which are added a few queries in answer to the scruples of many about the lawfulness of this method, Boston 1721».

Ακόμη για τη διάδοση της μεθόδου του εμβολιασμού  των Τιμόνη και Πυλαρινού προσθέτουμε ότι το 1722 εκδόθηκε η διδακτορική διατριβή του AntonioLeDuc, Κωνσταντινοπουλίτου, στο Λέυντεν της Ολλανδίας με θέμα τον εμβολιασμό για την προστασία της ευλογιάς.  Ο Βολταίρος σε επιστολές του γραμμένες το 1728 από το Λονδίνο διερωτάται γιατί να χάνονται τόσες ζωές όπως στην επιδημία ευλογιάς στη Γαλλία, που χάθηκαν είκοσι χιλιάδες, και δεν εφαρμόσουν, όπως στην Αγγλία τον εμβολιασμό του ευλογιασμού για να προστατευθούν τα παιδιά.

Στο βιβλίο «Recueil de pieces concernant l' inoculation de la petite verole» που κυκλοφόρησε στο Παρίσι το 1756 σχετικά με την ιστορία του εμβολιασμού για την προστασία από την ευλογιά γίνεται αναφορά στους Τιμόνη και Πυλαρινό ως εισηγητές και πρωτοπόρους στον εμβολιασμό αυτόν. 

Πολλοί διάσημοι ιατροί εφήρμοσαν τη νέα μέθοδο του ευλογιασμού, που εισήγαγαν οι Τιμόνης και Πυλαρινός, όπως ο μαθητής του περίφημου Hermann Boerhaave, ο Th. Tronchin, (1709-1781), ο οποίος εισήγαγε τον εμβολιασμό του ευλογιασμού στην Ολλανδία το 1748, στην Ελβετία το 1749 και στην Γαλλία το 1756,  έχοντας επιτελέσει είκοσι χιλιάδες επιτυχείς εμβολιασμούς. Ο Tronchin έγραψε   στη Γαλλική Εγκυκλοπαιδεία των Diderot  και D' Alembert, που ο πρώτος τόμος κυκλοφόρησε το 1751, το λήμμα «Inoculation», στο οποίο μνημονεύει τους εισηγητές της νέας μεθόδου του εμβολιασμού Εμμ. Τιμόνη και Ιάκ. Πυλαρινό.

Επίσης ο διάσημος και πολυγραφότατος ιατρός της Λωζάνης, ο Sam.-Aug. Tissot, (1728-1797), έγραψε και ειδική μονογραφία για τον ευλογιασμό το 1754, που μεταφράσθηκε πολλές φορές στη αγγλική, γερμανική και ιταλική γλώσσα. Επίσης στο βιβλίο  του Tissot , που εκδόθηκε στην ελληνική γλώσσα το 1780 με τον τίτλο Νουθεσίαι εις τον λαόν, τονίζεται ότι το μοναδικό μέσο προφυλάξεως από την ευλογιά είναι το «κέντρισμα» δηλ. ο εμβολιασμός του ευλογιασμού.

Στην Ιστορία της Ιατρικής του 1782 του ΄Αγγλου William Black, την οποία μετέφρασε στη γαλλική γλώσσα ο Αδαμάντιος Κοραής το 1798, γίνεται αναφορά στους εισηγητές του εμβολιασμού Τιμόνη και Πυλαρινό. Επίσης αναφέρονται και οι αντιδράσεις που προκλήθηκαν εναντίον της εφαρμογής του εμβολιασμού από ιατρούς και θεολόγους. Σημειώνουμε ωστόσο ότι στον Ελληνικό χώρο δεν υπήρχαν παρόμοιες αντιδράσεις, αλλά  απεναντίας η ορθόδοξη εκκλησία σύμφωνα με σχετικά έγγραφα συνιστούσε τον εμβολιασμό.

Ακόμη στο βιβλίο που εκδόθηκε στη γαλλική γλώσσα στο Παρίσι το 1801 σχετικά με τον δαμαλισμό τονίζεται η συμβολή των Τιμόνη και Πυλαρινού στην πρώτη εφαρμογή του εμβολιασμού ως μεθόδου προστασίας από την ευλογιά.

Ο Ιάκωβος Πυλαρινός, ο οποίος άρχισε το 1701 την επιστημονική εφαρμογή του εμβολιασμού,  θεωρείται ως ο πρώτος ανοσολόγος στο βιβλίο Morton's Medical Bibliography: «He is accredited with the "medical" discovery of variolation, and thus is the first immunologist». 

Με την εφαρμογή του εμβολιασμού του ονομασθέντος ευλογιασμού  η θνησιμότητα από την ευλογιά κατήλθε στο ποσοστό του 1-2%. Και το σημαντικότερο μετά 80 χρόνια περίπου ο εμβολιασμός του ευλογιασμού τροποποιήθηκε από τον Ed. Jenner, (1749-1823), ο οποίος αντί για υγρό από τις φλύκταινες των νοσούντων ανθρώπων έπαιρνε υγρό από τις φλύκταινες των αγελάδων, είναι ο εμβολιασμός του δαμαλισμού, με καλλίτερα αποτέλεσμα προστασίας. Κατ' αυτόν τον τρόπο ο ευλογιασμός αποτελεί αφενός τον πρόδρομο του δαμαλισμού και αφετέρου την πρώτη εφαρμογή του εμβολιασμού ως ιατρική πράξη που τώρα γενικεύεται με τα εμβόλια.

Συνοπτικά μπορούμε να πούμε ότι η εφεύρεση του εμβολιασμού ανήκει στους Ελληνες ιατρούς Ιάκωβο Πυλαρινό, ο οποίος θεωρείται και ως ο πρώτος ανοσολόγος και τον Εμμ. Τιμόνη. Η συμμετοχή τους αυτή στην πρόοδο της ιατρικής αποτελεί την μοναδική εδώ στον ελληνικό χώρο μετά από εκείνες των αρχαίων Ελλήνων και Βυζαντινών ιατρών.